Arsyeja kryesore e mungesës së tij janë shqetësimet për sigurinë personale. Mojtaba Khamenei u konfirmua si udhëheqës suprem pas vrasjes së babait të tij në kompleksin e tij në Teheran, në ditën e parë të konfliktit.
Raportet e mediave vendase, duke cituar burime të afërta, kanë theksuar se 56-vjeçari ka pësuar lëndime të rënda. Ai besohet se ka marrë plagë serioze në fytyrë dhe këmbë gjatë sulmit që i mori jetën babait të tij. Në këtë sulm vdiqën edhe nëna, gruaja dhe vajza e Mojtaba Khameneit.
Që prej marrjes së detyrës, Mojtaba Khamenei nuk është shfaqur në publik. Mesazhi i tij i parë si udhëheqës, ku premtonte hakmarrje për vrasjen e familjes, u lexua në televizionin shtetëror.