Komisioni Evropian ka pranuar se sistemi po krijon probleme, duke ndikuar mijëra udhëtarë. Zëdhënësi i Komisionit theksoi se Brukseli është në dijeni të vështirësive dhe po bashkëpunon me shtetet anëtare për të monitoruar situatën e gjetur zgjidhje. Megjithatë, nuk ka plane për pezullimin e EES.
Ky sistem regjistron elektronikisht hyrjet dhe daljet e shtetasve nga vendet jashtë BE-së, duke zëvendësuar vulat tradicionale në pasaporta. Gjatë kontrolleve kufitare mblidhen të dhëna biometrike, përfshirë gjurmët e gishtërinjve dhe fotografi fytyre.
Zbatimi i EES ka krijuar kolona të gjata në aeroporte dhe pika kufitare, me pritje deri në pesë orë. Kjo ka rezultuar në humbjen e fluturimeve për shumë udhëtarë. Shoqatat e kompanive ajrore dhe aeroporteve evropiane kanë paralajmëruar për përkeqësim të situatës në kulmin e sezonit turistik. Ata i kanë kërkuar Komisionit Evropian t'u mundësojë shteteve anëtare pezullimin e përkohshëm të sistemit në rastet kur fluksi tejkalon kapacitetet.