Lutjet mortore për Ali Khamenein, i cili u vra gjatë sulmeve amerikano-izraelite në fillim të luftës në Lindjen e Mesme, u mbajtën më 5 korrik. Ajatollahu i Madh Ja’far Sobhani, një nga klerikët më të lartë shiitë të Iranit, drejtoi lutjet.
Tradita kërkon që pasardhësi të udhëheqë lutjet mortore për paraardhësin e tij, një ritual i rëndësishëm për legjitimitetin e transferimit të pushtetit. Mojtaba Khamenei mori drejtimin e vendit menjëherë pas vdekjes së të atit, por nuk mori pjesë në ceremoni.
Ai nuk është shfaqur publikisht që prej 28 shkurtit. Raportimet e mëparshme tregonin se ai u plagos në të njëjtin sulm që i mori jetën Ali Khameneit. Gjatë muajve të fundit, nuk është publikuar asnjë deklaratë, regjistrim audio, apo video prej tij. Kjo situatë ka shtuar dyshimet për gjendjen e tij shëndetësore.