Presidentja e Komisionit Evropian, Ursula von der Leyen, theksoi se Komisioni po punon aktivisht me shtetet anëtare për të zgjidhur këto probleme. Sistemi EES është bërë i detyrueshëm për shtetasit e vendeve joanëtare të BE-së, përfshirë Maqedoninë, duke kërkuar kontroll biometrik si skanimi i gjurmëve të gishtërinjve dhe fotografimi i fytyrës gjatë hyrjes dhe daljes nga BE.
Shoqatat evropiane të aeroporteve, ACI Europe, IATA dhe Airlines for Europe, kanë paralajmëruar se koha e pritjes në kontrollet kufitare është rritur ndjeshëm, duke arritur deri në pesë orë gjatë pikut të sezonit. Ato i kërkuan Komisionit Evropian më shumë fleksibilitet dhe pezullim të përkohshëm të EES gjatë korrikut dhe gushtit, pasi miliona udhëtarë janë prekur nga vonesat dhe humbja e fluturimeve.
Më parë, Komisioni Evropian deklaroi se regjistrimi i një udhëtari zgjat rreth 70 sekonda. Megjithatë, në disa aeroporte, zyrtarët kufitarë ende fusin të dhënat manualisht, duke ngadalësuar procedurën. Deri më tani, vetëm Suedia dhe Portugalia kanë aktivizuar aplikacione për përpunim më të shpejtë, ndërsa disa aeroporte kanë ndërprerë përkohësisht mbledhjen e të dhënave biometrike në periudha fluksi të lartë.
Pavarësisht kritikave, Komisioni Evropian këmbëngul se sistemi ka një rol të rëndësishëm në siguri. Që nga vendosja, janë identifikuar rreth 1.000 persona që paraqisnin rrezik, ndërsa rreth 110 milionë udhëtarë kanë kaluar përmes EES. Sistemi zëvendëson vulat tradicionale në pasaporta me regjistrim dixhital, me qëllim parandalimin e keqpërdorimit të dokumenteve të udhëtimit dhe tejkalimit të qëndrimit të lejuar në zonën Shengen.