Zëdhënësit e Komisionit Evropian konfirmuan se janë në dijeni të vështirësive dhe po bashkëpunojnë me shtetet anëtare për zgjidhje. Megjithatë, nuk është njoftuar pezullimi i sistemit, i cili zëvendëson vulat tradicionale në pasaporta.
Sistemi EES grumbullon shenja gishtash dhe fotografi të fytyrës nga udhëtarët. Vendosja e tij ka krijuar radhë të gjata në aeroporte dhe pikat kufitare. Shoqatat e linjave ajrore dhe aeroporteve evropiane kanë paralajmëruar për vonesa deri në pesë orë, duke bërë që shumë pasagjerë të humbasin fluturimet.
Industria e aviacionit ka kërkuar nga Komisioni Evropian që të lejojë pezullimin e përkohshëm të sistemit kur fluksi i pasagjerëve tejkalon kapacitetet. Ata theksojnë se pa masa shtesë dhe personel, situata mund të përkeqësohet në korrik dhe gusht. Linja ajrore Ryanair ka bërë thirrje për shtyrjen e plotë të zbatimit të sistemit deri pas sezonit veror, duke argumentuar se infrastruktura aktuale e shumë aeroporteve nuk është e përgatitur për kontrollet e reja biometrike.