Trajneri 58-vjeçar rikthehet menjëherë në pankinë pas ndërprerjes me mirëkuptim të kontratës me Milanin. Kjo marrëveshje u arrit mbi një muaj pas shkarkimit të tij nga Milani.
Te Napoli, Allegri zëvendëson Antonio Conten, i cili u largua në fund të sezonit të kaluar. Allegri, i njohur për sukseset e tij me Milanin dhe Juventusin, do të ketë detyrën të rikthejë Napolin në garën për trofetë vendas dhe në skenën evropiane.
Sezoni i fundit me Milanin rezultoi i vështirë, ku skuadra përfundoi në vendin e pestë në Serie A dhe nuk u kualifikua në Ligën e Kampionëve. Ky rezultat çoi në ndryshime të mëdha në klubin kuqezi dhe largimin e trajnerit italian.